genomics

Convierte cualquier agente de IA en un científico de IA. La biblioteca de habilidades de agentes número 1 para la ciencia, utilizada por más de 175.000 científicos en todo el mundo. Incluye 163 habilidades validadas listas para usar y más de 100 bases de datos científicas que cubren biología, química, medicina y descubrimiento de fármacos. Compatible con Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity y el estándar abierto de habilidades de agentes.

Repositorio git oficial para Biopython (convertido originalmente desde CVS)

DeepVariant es una tubería de análisis que utiliza una red neuronal profunda para identificar variantes genéticas a partir de datos de secuenciación de ADN de nueva generación.

Un alineador por pares versátil para secuencias genómicas y de nucleótidos empalmados

Repositorio de código oficial para las versiones 4 y superiores de GATK

Ciencia intensiva en datos para todos.

Cientos de habilidades de agentes para investigación médica, incluyendo diseño de protocolos, análisis de datos, perspectivas de evidencia y redacción académica.

Alineador Burrow-Wheeler para alineación de lecturas cortas (ver minimap2 para alineación de lecturas largas).

Herramientas para trabajar con grafos de variación del genoma.

El motor de datos de salud nativo de IA: recopila, estandariza y razona sobre laboratorios, dispositivos portátiles y genómica.

🧬 gget permite realizar consultas eficientes a bases de datos de referencia genómica.

🦖 ClawBio - La primera biblioteca de habilidades de agentes de IA nativa para bioinformática. Local-first. Reproducible. Abierta. Gratuita.

Visualización circular en Python (gráfico Circos, diagrama de acordes, gráfico de radar)

Scripts para descargar genomas desde los servidores FTP de NCBI.

Dataframes genómicos nativos de la nube y computación por lotes

ADAM es una plataforma de análisis genómico con formatos de archivo especializados construidos usando Apache Avro, Apache Spark y Apache Parquet. Licenciado bajo Apache 2.

Biblioteca de Python para facilitar el ensamblaje de genomas, la anotación y la genómica comparativa

Modelos fundamentales para genómica y transcriptómica.

Librería de Python para gestionar términos de Gene Ontology (GO).

Basecaller de Oxford Nanopore

La siguiente versión de bwa-mem.

Un alineador de lecturas con huecos (gapped) rápido y sensible.

Hifiasm: un ensamblador con resolución de haplotipos para lecturas Hifi precisas.

Implementación oficial de HyenaDNA, un modelo fundacional genómico de largo alcance construido con Hyena

Anotación funcional rápida a nivel de genoma mediante asignación de ortología

Herramientas para procesar y analizar datos de secuenciación profunda.

Ensamblador de (meta)genomas ultrarrápido y eficiente en memoria

Biblioteca de C++ y herramientas de línea de comandos para analizar y manipular archivos VCF, con enlaces para Python y Zig

BioJava es un proyecto de código abierto dedicado a proporcionar una biblioteca Java para el procesamiento de datos biológicos.

BioMCP: Protocolo de contexto de modelos biomédicos