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Tópico · genomics

genomics

Repositórios de código aberto acompanhados marcados com genomics, ordenados por estrelas.

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  • Transforme qualquer agente de IA em um Cientista de IA. A biblioteca de Agent Skills nº 1 para a ciência, usada por mais de 175.000 cientistas em todo o mundo. 163 habilidades validadas prontas para uso e mais de 100 bancos de dados científicos cobrindo biologia, química, medicina e descoberta de medicamentos. Compatível com Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity e o padrão aberto Agent Skills.

    42.131+4.245Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • biopython@biopython

    Repositório git oficial para o Biopython (convertido originalmente do CVS)

    5.185+8Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • deepvariant@google

    DeepVariant é um pipeline de análise que utiliza uma rede neural profunda para identificar variantes genéticas a partir de dados de sequenciamento de DNA de próxima geração.

    3.801+6Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • Um alinhador de pares versátil para sequências genômicas e de nucleotídeos emendados

    2.244+2Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • gatk@broadinstitute

    Repositório oficial de código para o GATK versões 4 em diante

    1.994+1Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • galaxy@galaxyproject

    Ciência intensiva em dados para todos.

    1.845+4Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • Centenas de habilidades de agentes para pesquisa médica, incluindo design de protocolos, análise de dados, insights de evidências e escrita acadêmica.

    1.798+21Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • bwa@lh3

    Alinhador Burrow-Wheeler para alinhamento de leituras curtas (consulte o minimap2 para alinhamento de leituras longas).

    1.766+0Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • vg@vgteam

    Ferramentas para trabalhar com grafos de variação genômica.

    1.334+0Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • mirobody@thetahealth

    O motor de dados de saúde nativo em IA — coleta, padroniza e analisa dados de laboratórios, dispositivos vestíveis e genômica.

    1.224+163Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • gget@scverse

    🧬 O gget permite consultas eficientes a bancos de dados de referência genômica

    1.196+7Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • ClawBio@ClawBio

    🦖 ClawBio - A primeira biblioteca de skills de IA nativa em bioinformática. Foco local. Reproduzível. Aberto. Gratuito.

    1.125+5Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • pyCirclize@moshi4

    Visualização circular em Python (Circos Plot, Chord Diagram, Radar Chart).

    1.119+5Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • Scripts para baixar genomas dos servidores FTP do NCBI

    1.084+1Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • hail@hail-is

    Dataframes genômicos nativos da nuvem e computação em lote

    1.070+0Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • adam@bigdatagenomics

    ADAM é uma plataforma de análise genômica com formatos de arquivo especializados construída usando Apache Avro, Apache Spark e Apache Parquet. Licenciado sob Apache 2.

    1.059+2Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • jcvi@tanghaibao

    Biblioteca Python para facilitar montagem de genoma, anotação e genômica comparativa

    928-1Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • nucleotide-transformer@instadeepai

    Modelos Fundacionais para Genômica e Transcriptômica

    917+5Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • goatools@tanghaibao

    Biblioteca Python para manipular termos da Gene Ontology (GO)

    908+1Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • dorado@nanoporetech

    Basecaller da Oxford Nanopore

    871+5Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • bwa-mem2@bwa-mem2

    A próxima versão do bwa-mem

    862+4Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • bowtie2@BenLangmead

    Um alinhador de leituras com lacunas (gapped), rápido e sensível

    811+0Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • hifiasm@chhylp123

    Hifiasm: um montador resolvido por haplótipo para leituras Hifi precisas

    810+2Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • hyena-dna@HazyResearch

    Implementação oficial para HyenaDNA, um modelo de base genômica de longo alcance construído com Hyena

    806-2Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • eggnog-mapper@eggnogdb

    Anotação funcional rápida em todo o genoma por meio de atribuição de ortologia

    778+8Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • deepTools@deeptools

    Ferramentas para processar e analisar dados de sequenciamento profundo.

    765+2Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • megahit@voutcn

    Montador de (meta)genomas ultrarrápido e eficiente em memória

    723+2Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • vcflib@vcflib

    Biblioteca C++ e ferramentas de linha de comando para analisar e manipular arquivos VCF com bindings em python e zig

    684+0Variação de estrelas nos últimos 7 dias
  • biojava@biojava

    BioJava é um projeto de código aberto dedicado a fornecer uma biblioteca Java para processamento de dados biológicos.

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  • biomcp@genomoncology

    BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

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