bioinformatics

Annotierte Daten.

Tools zur Verarbeitung und Analyse von Deep-Sequencing-Daten.

Eine Python-Implementierung der DESeq2-Pipeline für Bulk-RNA-Seq-DEA.

Vielseitiges Open-Source-Tool für die Mikrobiomanalyse

Arbeiten mit Molekülstrukturen in pandas DataFrames

Ein Go-Paket für das Organism Engineering.

Ultraschneller und speichereffizienter (Meta-)Genomassembler

Protein-Ligand Interaction Profiler – Analysieren und Visualisieren von nicht-kovalenten Protein-Ligand-Interaktionen in PDB-Dateien gemäß 📝 Schake, Bolz, et al. (2025), https://doi.org/10.1093/nar/gkaf361

:eye: Python-Bibliothek zum Plotten von DNA-Sequenzmerkmalen (z. B. aus Genbank-Dateien)

Structural-Variation-Caller unter Verwendung von Sequencing der dritten Generation

Interaktive Netzwerk-Visualisierung in Python und Dash, basierend auf Cytoscape.js

Schnelle und standardisierte Annotation von Bakteriengenomen, MAGs und Plasmiden

ScienceClaw ist ein persönlicher Forschungsassistent, entwickelt mit LangChain DeepAgents und der AIO-Sandbox-Infrastruktur, mit einer völlig neuen Architektur jenseits von OpenClaw. Er bietet höhere Sicherheit, bessere Transparenz und eine benutzerfreundlichere Erfahrung.

Zelltypanmerkung für Einzelzell-RNA-Seq unter Verwendung eines Multi-LLM-Konsenses

Generator für Gen-Cluster-Vergleichsdiagramme

Eine mit scikit-learn kompatible Bibliothek für Graphen-Kernels

BioJava ist ein Open-Source-Projekt, das eine Java-Bibliothek zur Verarbeitung biologischer Daten bereitstellt.

Suite zur Erkennung entfernter Proteinhomologien.

BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

GTDB-Tk: Ein Toolkit zur objektiven taxonomischen Klassifizierung von Bakterien- und Archaeen-Genomen.

Tools zum Arbeiten mit SAM/BAM-Daten

Leichte, ultraschnelle C/C++ (& Python)-Bibliothek für Sequenzalignment unter Verwendung der Levenshtein-Distanz.

Das Chemistry Development Kit

Eine weitere redundante Workflow-Engine.

Analyse-Pipeline zur Erkennung von Keimbahn- oder somatischen Varianten (Vorverarbeitung, Variant Calling und Annotation) aus WGS- oder gezielten Sequenzierungsdaten.

Schnelle haploide Variantenbestimmung und Core-Genom-Alignment

Biostar Q&A

Cutadapt entfernt Adaptersequenzen aus Sequenzierungs-Reads.

COBRApy ist ein Paket für die einschränkungsbasierte Modellierung von Stoffwechselnetzwerken.

Open-Source-Bioinformatik-Komponenten für Dash