bioinformatics

Datos anotados.

Herramientas para procesar y analizar datos de secuenciación profunda.

Una implementación en Python del pipeline DESeq2 para DEA de RNA-seq masivo

Herramienta versátil de código abierto para el análisis de microbiomas.

Trabajo con estructuras moleculares en DataFrames de pandas.

Un paquete de Go para ingeniería de organismos.

Ensamblador de (meta)genomas ultrarrápido y eficiente en memoria

Protein-Ligand Interaction Profiler: analiza y visualiza interacciones no covalentes proteína-ligando en archivos PDB según 📝 Schake, Bolz, et al. (2025), https://doi.org/10.1093/nar/gkaf361

Biblioteca de Python para graficar características de secuencias de ADN (por ejemplo, desde archivos Genbank)

Visualización de redes interactiva en Python y Dash, impulsada por Cytoscape.js.

Llamador de variantes estructurales mediante secuenciación de tercera generación

Anotación rápida y estandarizada de genomas bacterianos, MAGs y plásmidos

ScienceClaw es un asistente de investigación personal construido con LangChain DeepAgents y la infraestructura AIO Sandbox, que adopta una arquitectura completamente nueva más allá de OpenClaw. Ofrece mayor seguridad, mejor transparencia y una experiencia más fácil de usar.

Anotación de tipos celulares para RNA-seq de célula única mediante consenso de múltiples LLM.

Generador de gráficos de comparación de grupos de genes

Una biblioteca compatible con scikit-learn para kernels de grafos

BioJava es un proyecto de código abierto dedicado a proporcionar una biblioteca Java para el procesamiento de datos biológicos.

BioMCP: Protocolo de contexto de modelos biomédicos

Suite para la detección remota de homología de proteínas.

GTDB-Tk: un kit de herramientas para asignar clasificaciones taxonómicas objetivas a genomas bacterianos y arqueales.

Herramientas para trabajar con datos SAM/BAM

Biblioteca ligera y ultrarrápida en C/C++ (y Python) para alineación de secuencias usando distancia de edición (Levenshtein)

The Chemistry Development Kit

Otro motor de flujo de trabajo redundante.

Pipeline de análisis para detectar variantes germinales o somáticas (preprocesamiento, llamada de variantes y anotación) a partir de WGS o secuenciación dirigida.

Llamada rápida de variantes haploides y alineación del genoma central.

Preguntas y respuestas de Biostar

Cutadapt elimina secuencias adaptadoras de lecturas de secuenciación.

COBRApy es un paquete para el modelado basado en restricciones de redes metabólicas.

Componentes bioinformáticos de código abierto para Dash