genomics

Transformez n'importe quel agent IA en scientifique IA. La bibliothèque de compétences n°1 pour la science, utilisée par plus de 175 000 scientifiques dans le monde. Inclut 163 compétences validées prêtes à l'emploi et plus de 100 bases de données scientifiques couvrant la biologie, la chimie, la médecine et la découverte de médicaments. Compatible avec Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity et le standard ouvert Agent Skills.

Dépôt git officiel de Biopython (initialement converti depuis CVS).

DeepVariant est un pipeline d'analyse utilisant un réseau de neurones profond pour identifier des variants génétiques à partir de données de séquençage ADN de nouvelle génération.

Un aligneur par paires polyvalent pour les séquences génomiques et nucléotidiques épissées

Dépôt de code officiel pour GATK versions 4 et ultérieures

Science intensive en données pour tous.

Des centaines de compétences d'agents pour la recherche médicale, incluant la conception de protocoles, l'analyse de données, les perspectives probantes et la rédaction académique.

Aligneur Burrow-Wheeler pour l'alignement de lectures courtes (voir minimap2 pour l'alignement de lectures longues)

Outils pour travailler avec des graphes de variation génomique.

Moteur de données de santé natif pour l'IA : collectez, standardisez et analysez les résultats de laboratoire, les objets connectés et la génomique.

🧬 gget permet d'interroger efficacement les bases de données de référence génomiques

🦖 ClawBio - La première bibliothèque de compétences d'agent IA native pour la bioinformatique. Local-first, reproductible, ouvert et gratuit.

Visualisation circulaire en Python (Circos Plot, diagramme de cordes, graphique radar).

Scripts pour télécharger des génomes depuis les serveurs FTP du NCBI

Dataframes génomiques cloud-native et calcul par lots.

ADAM est une plateforme d'analyse génomique utilisant des formats de fichiers spécialisés basés sur Apache Avro, Apache Spark et Apache Parquet. Sous licence Apache 2.

Bibliothèque Python pour faciliter l'assemblage de génomes, l'annotation et la génomique comparative

Modèles de fondation pour la génomique et la transcriptomique.

Bibliothèque Python pour manipuler les termes de la Gene Ontology (GO)

Basecaller pour Oxford Nanopore

La prochaine version de bwa-mem.

Un aligneur de lectures avec gaps rapide et sensible

Hifiasm : un assembleur résolu par haplotype pour des lectures Hifi précises

Implémentation officielle de HyenaDNA, un modèle de fondation génomique longue portée basé sur Hyena.

Annotation fonctionnelle rapide à l'échelle du génome par assignation d'orthologie

Outils pour traiter et analyser les données de séquençage profond.

Assembleur (méta-)génomique ultra-rapide et économe en mémoire

Bibliothèque C++ et outils en ligne de commande pour analyser et manipuler des fichiers VCF avec des liaisons Python et Zig

:book::microscope::coffee: BioJava est un projet open source dédié à la fourniture d'une bibliothèque Java pour le traitement des données biologiques.

BioMCP : Biomedical Model Context Protocol