bioinformatics

Liste de cours d'informatique avec conférences vidéo.

Transformez n'importe quel agent IA en scientifique IA. La bibliothèque de compétences n°1 pour la science, utilisée par plus de 175 000 scientifiques dans le monde. Inclut 163 compétences validées prêtes à l'emploi et plus de 100 bases de données scientifiques couvrant la biologie, la chimie, la médecine et la découverte de médicaments. Compatible avec Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity et le standard ouvert Agent Skills.

Applications de données et tableaux de bord pour Python. Aucun JavaScript requis.

Dépôt git officiel de Biopython (initialement converti depuis CVS).

Une liste organisée de bibliothèques et de logiciels de bioinformatique.

Atelier de recherche en IA open-source avec agents scientifiques pour une recherche et une découverte reproductibles.

Liste organisée par la communauté de paquets logiciels et de ressources de données pour la cellule unique, incluant RNA-seq, ATAC-seq, etc.

DeepVariant est un pipeline d'analyse utilisant un réseau de neurones profond pour identifier des variants génétiques à partir de données de séquençage ADN de nouvelle génération.

L'atelier de travail IA open source pour la recherche scientifique

Un DSL pour les pipelines de calcul pilotés par les données

Rendre le repliement des protéines accessible à tous !

Analyse de cellules uniques en Python. Évolutif jusqu'à plus de 100 millions de cellules.

Un préprocesseur FASTQ tout-en-un ultra-rapide (QC, adaptateurs, découpage, filtrage, fractionnement, fusion...).

Un aligneur par paires polyvalent pour les séquences génomiques et nucléotidiques épissées

MMseqs2 : suite de recherche et de clustering ultra-rapide et sensible

Dépôt de code officiel pour GATK versions 4 et ultérieures

Un pipeline spaCy complet et des modèles pour documents scientifiques et biomédicaux.

Liste organisée d'outils, bibliothèques, articles, jeux de données et frameworks IA exceptionnels accélérant la découverte scientifique, de la physique et la chimie à la biologie, aux matériaux et au-delà.

Recettes Conda pour le canal bioconda

Science intensive en données pour tous.

Des centaines de compétences d'agents pour la recherche médicale, incluant la conception de protocoles, l'analyse de données, les perspectives probantes et la rédaction académique.

Aligneur Burrow-Wheeler pour l'alignement de lectures courtes (voir minimap2 pour l'alignement de lectures longues)

Boîte à outils multiplateforme ultra-rapide pour la manipulation de fichiers FASTA/Q

Boîte à outils pour le traitement de séquences aux formats FASTA/Q

Agrégation des résultats d'analyses bioinformatiques provenant de nombreux échantillons dans un rapport unique.

Outils Unix, R et Python pour la génomique et la science des données

Foldseek permet des comparaisons rapides et sensibles de grands ensembles de structures.

Therapeutics Commons (TDC) : fondation multimodale pour la science thérapeutique

scikit-bio : une bibliothèque Python communautaire pour la bioinformatique, offrant des structures de données polyvalentes, des algorithmes et des ressources pédagogiques.

Bibliothèque Python pour l'analyse multi-omique, incluant le bulk, le single cell et le RNA-seq spatial.