bioinformatics

Données annotées.

Outils pour traiter et analyser les données de séquençage profond.

Implémentation en Python du pipeline DESeq2 pour l'analyse différentielle d'expression (DEA) de données RNA-seq en vrac.

Outil open-source polyvalent pour l'analyse du microbiome.

Manipulation de structures moléculaires dans des DataFrames pandas

Un package Go pour l'ingénierie des organismes.

Assembleur (méta-)génomique ultra-rapide et économe en mémoire

Protein-Ligand Interaction Profiler - Analyse et visualise les interactions protéine-ligand non covalentes dans les fichiers PDB selon 📝 Schake, Bolz, et al. (2025), https://doi.org/10.1093/nar/gkaf361

:eye: Bibliothèque Python pour tracer les caractéristiques de séquences d'ADN (par exemple à partir de fichiers GenBank)

Visualisation interactive de réseaux en Python et Dash, alimentée par Cytoscape.js

Appel de variations structurales utilisant le séquençage de troisième génération

Annotation rapide et standardisée de génomes bactériens, de MAG et de plasmides

ScienceClaw est un assistant de recherche personnel construit avec LangChain DeepAgents et l'infrastructure AIO Sandbox, adoptant une architecture entièrement nouvelle au-delà d'OpenClaw. Il offre une sécurité renforcée, une meilleure transparence et une expérience utilisateur améliorée.

Annotation des types cellulaires pour le RNA‑seq à cellule unique en utilisant le consensus multi‑LLM

Générateur de figures pour la comparaison de clusters de gènes

Une bibliothèque compatible avec scikit-learn pour les noyaux de graphes

:book::microscope::coffee: BioJava est un projet open source dédié à la fourniture d'une bibliothèque Java pour le traitement des données biologiques.

Suite de détection de l'homologie protéique à distance.

BioMCP : Biomedical Model Context Protocol

GTDB-Tk : une boîte à outils pour attribuer des classifications taxonomiques objectives aux génomes bactériens et archéens.

Outils pour manipuler des données SAM/BAM

Bibliothèque légère et ultra‑rapide en C/C++ (& Python) pour l'alignement de séquences utilisant la distance d'édition (Levenshtein)

Le Chemistry Development Kit

Pipeline d'analyse pour détecter les variants germinaux ou somatiques (prétraitement, appel de variants et annotation) à partir de séquençage WGS ou ciblé

Encore un moteur de workflow redondant

:scissors: :zap: Appel de variants haploïdes rapide et alignement de génome de référence

Questions/Réponses Biostar

Cutadapt supprime les séquences adaptatrices des lectures de séquençage

COBRApy est un paquet pour la modélisation à base de contraintes des réseaux métaboliques.

Composants de bioinformatique open-source pour Dash