bioinformatics

Bibliothèque de graphes de protéines

Boîte à outils de deep learning pour la prédiction de DTI, propriétés des médicaments, PPI, DDI et fonctions protéiques (Bioinformatics)

Une boîte à outils CSV/TSV multiplateforme, efficace et pratique en Golang.

Outil en ligne de commande multiplateforme pour l'exécution de tâches en parallèle.

🦖 ClawBio - La première bibliothèque de compétences d'agent IA native pour la bioinformatique. Local-first, reproductible, ouvert et gratuit.

Un co-scientifique IA fonctionnant sur votre bureau. Claude Science, en mieux.

Visualisation circulaire en Python (Circos Plot, diagramme de cordes, graphique radar).

Atelier de recherche IA open source, local-first, pour le calcul scientifique avec Python/R, outils bioinformatiques MCP, runtimes SSH/WSL/GPU et modèles OpenAI/Anthropic.

Pipelines robustes, flexibles et économes en ressources utilisant Go et la ligne de commande.

Un composant React pour plotly.js par Plotly 📈

Scripts pour télécharger des génomes depuis les serveurs FTP du NCBI

Moteur de flux de travail scientifique conçu pour la simplicité et l'évolutivité. Transition facile entre des cas d'utilisation ponctuels et des environnements de production à grande échelle.

Dataframes génomiques cloud-native et calcul par lots.

ADAM est une plateforme d'analyse génomique utilisant des formats de fichiers spécialisés basés sur Apache Avro, Apache Spark et Apache Parquet. Sous licence Apache 2.

Une bibliothèque complète pour la biologie moléculaire computationnelle.

Bibliothèque C pour les formats de données de séquençage à haut débit.

Renforcez les grands modèles de langage (LLM) grâce à la génération augmentée par récupération basée sur des graphes de connaissances (KG-RAG) pour les tâches nécessitant des connaissances approfondies.

🐟 🍣 🍱 Quantification au niveau des transcrits hautement précise et ultra-rapide à partir de lectures RNA-seq utilisant l'alignement sélectif

Bibliothèque Python pour faciliter l'assemblage de génomes, l'annotation et la génomique comparative

Pysam est un package Python pour lire, manipuler et écrire des données génomiques telles que les fichiers SAM/BAM/CRAM et VCF/BCF. Il s'agit d'un wrapper léger de l'API HTSlib, la même que celle utilisée par samtools, bcftools et tabix.

🔬🦞 Un collègue de recherche en IA auto-évolutif pour les scientifiques. 285 compétences, zéro hallucination, mémoire persistante.

Une liste organisée de bibliothèques et de logiciels de cheminformatique.

La prochaine version de bwa-mem.

Spécification pour le Workflow Description Language (WDL).

Graphe de connaissances en médecine de précision (PrimeKG).

Phénotypage des plantes par analyse d'image.

Un aligneur de lectures avec gaps rapide et sensible

Hifiasm : un assembleur résolu par haplotype pour des lectures Hifi précises

Conteneurs pour la bioinformatique.

Comptage, filtrage, parcours de graphe et autres opérations sur les séquences nucléotidiques en mémoire