genomics

あらゆるAIエージェントをAIサイエンティストに変える。世界中の175,000人以上の科学者が利用する、科学分野No.1のエージェントスキルライブラリ。生物学、化学、医学、創薬を網羅する163の即用可能な検証済みスキルと100以上の科学データベースを提供。Cursor、Claude Code、Codex、Pi、Antigravity、およびオープンなAgent Skills標準と互換性があります。

Biopythonの公式gitリポジトリ（元はCVSから変換）。

DeepVariantは、次世代DNAシーケンシングデータから遺伝的バリアントをコールするために深層ニューラルネットワークを使用する解析パイプラインです。

ゲノムおよびスプライスされたヌクレオチド配列のための多用途なペアワイズアライナー

GATK バージョン 4 以降の公式コードリポジトリ

すべての人のためのデータ集約型科学

プロトコル設計、データ分析、エビデンスの洞察、学術執筆など、医学研究向けの数百のAIエージェント用スキル。

ショートリードのアラインメント用 Burrow-Wheeler Aligner（ロングリードのアラインメントについては minimap2 を参照）

ゲノム変異グラフを扱うためのツール

🧬 ゲノム参照データベースへの効率的なクエリを可能にするgget

🦖 ClawBio - 初のバイオインフォマティクスネイティブ AI エージェントスキルライブラリ。ローカルファースト、再現可能、オープン、無料。

Python による円形可視化（Circos プロット、コードダイアグラム、レーダーチャート）

NCBI FTP サーバーからゲノムをダウンロードするためのスクリプト

クラウドネイティブなゲノムデータフレームとバッチ処理

AI ネイティブな健康データエンジン — 検査結果、ウェアラブルデバイス、ゲノミクスの収集、標準化、推論を行います。

Apache Avro、Apache Spark、Apache Parquet を使用して構築された特殊なファイル形式を持つ、ゲノミクス分析プラットフォーム ADAM。Apache 2 ライセンス。

ゲノムアセンブリ、アノテーション、比較ゲノミクスを容易にするための Python ライブラリ

ゲノミクスおよびトランスクリプトミクス用の基盤モデル

Gene Ontology (GO) 用語を処理するための Python ライブラリ

Oxford NanoporeのBasecaller

bwa-mem の次期バージョン

高速で感度の高いギャップ付きリード・アライナー

Hifiasm：高精度なHifiリード向けのハプロタイプを解決するアセンブラ。

Hyena を用いて構築された長距離ゲノム基盤モデル「HyenaDNA」の公式実装

オーソログ割当てを通じた高速なゲノムワイド機能アノテーション

ディープシーケンスデータを処理・分析するためのツール

超高速かつメモリ効率の高い（メタ）ゲノムアセンブラ

Python および Zig バインディングを備えた、VCF ファイルのパースと操作のための C++ ライブラリとコマンドラインツール

BioJava は、生物学的データを処理するための Java ライブラリを提供することに特化したオープンソースプロジェクトです。

BioMCP: Biomedical Model Context Protocol