genomics

Biến bất kỳ AI agent nào thành một Nhà khoa học AI. Thư viện Kỹ năng Agent hàng đầu dành cho khoa học, được hơn 175.000 nhà khoa học trên toàn thế giới sử dụng. 163 kỹ năng đã được xác thực sẵn sàng sử dụng cùng hơn 100 cơ sở dữ liệu khoa học bao gồm sinh học, hóa học, y học và khám phá thuốc. Tương thích với Cursor, Claude Code, Codex, Pi, Antigravity và tiêu chuẩn Agent Skills mở.

Kho lưu trữ Git chính thức cho Biopython (ban đầu được chuyển đổi từ CVS)

DeepVariant là một chu trình phân tích sử dụng mạng nơ-ron sâu để gọi các biến thể di truyền từ dữ liệu giải trình tự DNA thế hệ mới.

Một công cụ căn chỉnh cặp (pairwise aligner) linh hoạt cho các trình tự bộ gen và nucleotide ghép nối.

Kho mã chính thức cho GATK phiên bản 4 trở lên

Khoa họcintensive dữ liệu cho mọi người.

Hàng trăm kỹ năng tác nhân dành cho nghiên cứu y tế, bao gồm thiết kế giao thức, phân tích dữ liệu, thông tin chi tiết về bằng chứng và viết học thuật.

Burrow-Wheeler Aligner để căn chỉnh chuỗi ngắn (xem minimap2 để căn chỉnh chuỗi dài)

Các công cụ làm việc với đồ thị biến thể bộ gen

Công cụ dữ liệu y tế gốc AI — thu thập, chuẩn hóa và suy luận trên các dữ liệu xét nghiệm, thiết bị đeo và bộ gen.

🧬 gget cho phép truy vấn hiệu quả các cơ sở dữ liệu tham chiếu bộ gen

🦖 ClawBio - Thư viện kỹ năng tác nhân AI gốc về sinhinformatics đầu tiên. Ưu tiên cục bộ. Có thể tái tạo. Mở. Miễn phí.

Trực quan hóa hình tròn trong Python (Circos Plot, Chord Diagram, Radar Chart)

Các tập lệnh để tải xuống bộ gen từ máy chủ NCBI FTP

Khung dữ liệu bộ gen gốc đám mây và tính toán hàng loạt

ADAM là nền tảng phân tích bộ gen với các định dạng file chuyên biệt được xây dựng bằng Apache Avro, Apache Spark và Apache Parquet. Cấp phép theo Apache 2.

Thư viện Python hỗ trợ lắp ráp bộ gen, chú thích và bộ gen so sánh.

Mô hình nền tảng cho Genomics & Transcriptomics

Thư viện Python để xử lý các thuật ngữ Gene Ontology (GO)

Công cụ Basecaller của Oxford Nanopore

Phiên bản tiếp theo của bwa-mem

Trình căn chỉnh đọc gapped nhanh và nhạy.

Hifiasm: trình lắp ráp phân giải haplotype cho các bản đọc Hifi chính xác

Triển khai chính thức cho HyenaDNA, một mô hình nền tảng bộ gen tầm xa được xây dựng với Hyena

Chú giải chức năng toàn bộ hệ gen nhanh chóng thông qua gán tương đồng

Các công cụ để xử lý và phân tích dữ liệu giải trình tự sâu (deep sequencing).

Trình lắp ráp (meta-)genome siêu nhanh và tiết kiệm bộ nhớ.

Thư viện C++ và các công cụ dòng lệnh để phân tích và thao tác với tệp VCF, hỗ trợ binding cho Python và Zig.

BioJava là một dự án mã nguồn mở chuyên cung cấp thư viện Java để xử lý dữ liệu sinh học

BioMCP: Giao thức ngữ cảnh mô hình y sinh (Biomedical Model Context Protocol)