genomics

將任何 AI 代理人轉變為 AI 科學家。全球超過 175,000 名科學家使用的首選代理技能庫，提供 163 個即用驗證技能與 100 多個涵蓋生物、化學、醫學與藥物發現的科學資料庫。相容於 Cursor、Claude Code、Codex、Pi、Antigravity 以及開放的 Agent Skills 標準。

Biopython 官方 git 倉庫（最初從 CVS 轉換而來）

DeepVariant 是一個分析流程，利用深度神經網路從下一代 DNA 测序資料中呼叫基因變異

適用於基因組和剪接核苷酸序列的多功能成對比對工具

GATK 4 及以上版本的官方程式碼庫

人人可用的數據密集型科學。

數百個用於醫學研究的代理人技能，包含協議設計、資料分析、證據洞察與學術寫作。

用於短序列比對的 Burrow-Wheeler Aligner（長序列比對請見 minimap2）

用於處理基因組變異圖譜的工具

AI 原生的健康資料引擎 —— 收集、標準化並推論實驗室數據、穿戴式裝置與基因體學資料。

🧬 gget 實現對基因體參考資料庫的高效查詢

🦖 ClawBio - 第一個生物資訊學原生的 AI agent 技能庫。本機優先。可重現。開放。免費。

Python 的圓形視覺化（Circos 圖、弦圖、雷達圖）

從 NCBI FTP 伺服器下載基因體資料的腳本

雲原生基因體資料框與批次運算

ADAM 是一個基因體分析平台，採用 Apache Avro、Apache Spark 和 Apache Parquet 建構特製檔案格式。採用 Apache 2 授權。

用於協助基因組組裝、註解與比較基因組學的 Python 函式庫

用於基因體學與轉錄體學的基礎模型

用於處理基因本體論（GO）術語的 Python 函式庫

Oxford Nanopore 的 Basecaller

bwa-mem 的下一個版本

一個快速且靈敏的有間隙讀取比對工具。

Hifiasm：用於精確 Hifi 讀取資料的單套型核解析組裝工具

HyenaDNA 的官方實作，這是一個以 Hyena 建構的長距離基因體基礎模型

透過同源基因指派進行快速基因體範圍功能註解

用於處理與分析深度定序資料的工具。

超快速且記憶體高效率的（元）基因組組裝工具

用於解析與操作 VCF 檔案的 C++ 函式庫與命令列工具，並提供 python 和 zig 綁定

:book::microscope::coffee: BioJava 是一個致力於提供 Java 函式庫以處理生物資料的開源專案。

BioMCP：生物醫學模型上下文協定