bioinformatics

電腦科學課程與影片講座列表

將任何 AI 代理人轉變為 AI 科學家。全球超過 175,000 名科學家使用的首選代理技能庫，提供 163 個即用驗證技能與 100 多個涵蓋生物、化學、醫學與藥物發現的科學資料庫。相容於 Cursor、Claude Code、Codex、Pi、Antigravity 以及開放的 Agent Skills 標準。

Python 的資料應用與儀表板，無需 JavaScript

Biopython 官方 git 倉庫（最初從 CVS 轉換而來）

精選優秀生物資訊庫與軟體清單

具備科學代理（scientific agents）的開源 AI 研究工作台，用於可重複的研究與發現。

社群策劃的單細胞軟體包與資料資源清單，包括RNA-seq、ATAC-seq等

DeepVariant 是一個分析流程，利用深度神經網路從下一代 DNA 测序資料中呼叫基因變異

面向科學研究的開源 AI 工作台。

面向数据驱动计算管道的 DSL

讓蛋白質摺疊變得人人可及！

Python 中的單細胞分析。可擴展至超過 1 億個細胞。

超快速的全能型 FASTQ 預處理工具（包含 QC、接頭處理、修剪、過濾、拆分、合併等...）

適用於基因組和剪接核苷酸序列的多功能成對比對工具

MMseqs2：超快且靈敏的搜尋與分群套件

GATK 4 及以上版本的官方程式碼庫

用於科學／生物醫學文件的完整 spaCy 管道與模型。

精選的 AI 工具、庫、論文、資料集與框架清單，加速從物理、化學到生物、材料及其他領域的科學發現。

bioconda 頻道用的 Conda 軟體包配方。

人人可用的數據密集型科學。

數百個用於醫學研究的代理人技能，包含協議設計、資料分析、證據洞察與學術寫作。

用於短序列比對的 Burrow-Wheeler Aligner（長序列比對請見 minimap2）

一個跨平台且超快速的 FASTA/Q 檔案處理工具包

用於處理 FASTA/Q 格式序列的工具包

將跨多個樣本的生物資訊學分析結果彙整成單一報告。

用於基因體學與資料科學的 Unix、R 與 Python 工具

Foldseek 能夠對大型結構集進行快速且靈敏的比對。

治療學共用平台 (TDC)：治療科學的多模態基礎

scikit-bio：社群驅動的生物資訊學 Python 函式庫，提供多樣化的資料結構、演算法和教育資源。

一個用於多組學（包含大量、單細胞與空間 RNA-seq 分析）的 Python 函式庫。