bioinformatics

蛋白質圖神經網路庫

用於 DTI、藥物屬性、PPI、DDI、蛋白質功能預測的深度學習工具包（生物資訊學）

一個使用 Golang 編寫的跨平台、高效且實用的 CSV/TSV 工具包

用於平行執行作業的跨平台命令列工具

🦖 ClawBio - 第一個生物資訊學原生的 AI agent 技能庫。本機優先。可重現。開放。免費。

在桌面上執行的 AI 共同科學家。比 Claude Science 更出色。

Python 的圓形視覺化（Circos 圖、弦圖、雷達圖）

開源、本地優先的桌面 AI 研究工作台，支援 Python/R 科學計算、MCP 生物資訊工具、SSH/WSL/GPU 執行環境以及 OpenAI/Anthropic 模型。

使用 Go 與命令列建構強固、靈活且資源效率高的管線

來自 Plotly 的 plotly.js React 元件 📈

從 NCBI FTP 伺服器下載基因體資料的腳本

專為簡潔性與可擴展性而設計的科學工作流程引擎。輕鬆在單次使用情境與大規模生產環境之間轉換

雲原生基因體資料框與批次運算

ADAM 是一個基因體分析平台，採用 Apache Avro、Apache Spark 和 Apache Parquet 建構特製檔案格式。採用 Apache 2 授權。

一個用於計算分子生物學的綜合函式庫

用於高通量定序資料格式的 C 語言庫

利用基於知識圖譜的檢索增強生成（KG-RAG）賦能大型語言模型（LLM），以處理知識密集型任務

🐟 🍣 🍱 使用選擇性比對技術，從 RNA-seq 讀取資料進行極度精準且超快速的轉錄本層級定量分析

用於協助基因組組裝、註解與比較基因組學的 Python 函式庫

Pysam 是一個 Python 套件，用於讀取、操作和寫入基因體資料，例如 SAM/BAM/CRAM 和 VCF/BCF 檔案。它是 HTSlib API 的輕量級包裝器，該 API 也是 samtools、bcftools 和 tabix 的核心驅動。

🔬🦞 科學家的自我進化 AI 研究同事。具備 285 種技能、零幻覺、持續性記憶。

精選的化學資訊學函式庫與軟體清單。

bwa-mem 的下一個版本

工作流程描述語言 (WDL) 規範。

精準醫療知識圖譜 (PrimeKG)

透過影像分析進行植物表型分析

Hifiasm：用於精確 Hifi 讀取資料的單套型核解析組裝工具

一個快速且靈敏的有間隙讀取比對工具。

生物資訊學容器

記憶體內的核苷酸序列 k-mer 計數、過濾、圖走訪等功能