bioinformatics

標註資料。

用於處理與分析深度定序資料的工具。

用於 bulk RNA-seq DEA 的 DESeq2 pipeline 之 Python 實作。

功能多樣的微生物組分析開源工具

在 pandas DataFrames 中處理分子結構。

用於生物工程的 Go 套件。

超快速且記憶體高效率的（元）基因組組裝工具

蛋白質-配體相互作用分析器 - 根據 Schake, Bolz 等人 (2025) 的研究，分析並視覺化 PDB 檔案中的非共價蛋白質-配體相互作用，網址：https://doi.org/10.1093/nar/gkaf361

:eye: 用於繪製 DNA 序列特徵的 Python 程式庫（例如來自 Genbank 檔案）

使用 Python 與 Dash 的互動式網路視覺化工具，由 Cytoscape.js 提供技術支援。

使用第三代定序的結構變異呼叫器

細菌基因組、MAGs 與質體的快速標準化註釋工具

ScienceClaw 是一個採用 LangChain DeepAgents 與 AIO Sandbox 基礎架構建構的個人研究助理，採用超越 OpenClaw 的全新架構。它提供更強的安全性、更好的透明度以及更友善的使用體驗。

使用多 LLM 共識進行單細胞 RNA-seq 的細胞類型註釋

基因簇比較圖產生器

一個相容於 scikit-learn 的圖核心（graph kernels）函式庫

:book::microscope::coffee: BioJava 是一個致力於提供 Java 函式庫以處理生物資料的開源專案。

遠端蛋白質同源性檢測套件。

BioMCP：生物醫學模型上下文協定

GTDB-Tk：用於為細菌和古菌基因組分配客觀分類學分類的工具包。

處理 SAM/BAM 資料的工具

輕量、超高速的 C/C++ (& Python) 序列比對庫，使用編輯（Levenshtein）距離。

化學發展工具包（The Chemistry Development Kit）

用於檢測 WGS / 目標定序中種系或體細胞變異的分析管線（預處理、變異呼叫與註釋）

又一個多餘的工作流程引擎

✂️ ⚡ 快速單倍體變異檢測與核心基因組比對

Biostar 問答系統

Cutadapt 可從定序讀段中移除接頭序列

COBRApy 是一個用於代謝網路約束基建模的套件。

用於 Dash 的開源生物資訊元件