bioinformatics

タンパク質グラフライブラリ

DTI、薬物特性、PPI、DDI、タンパク質機能予測のためのディープラーニングツールキット（バイオインフォマティクス）

Golang で書かれた、クロスプラットフォームで効率的かつ実用的な CSV/TSV ツールキット

ジョブを並列実行するためのクロスプラットフォーム対応コマンドラインツール

🦖 ClawBio - 初のバイオインフォマティクスネイティブ AI エージェントスキルライブラリ。ローカルファースト、再現可能、オープン、無料。

デスクトップ上で動作するAI共同科学者。Claude Scienceをさらに改善したものです。

Python による円形可視化（Circos プロット、コードダイアグラム、レーダーチャート）

Python/R、MCP バイオインフォマティクスツール、SSH/WSL/GPU ランタイム、OpenAI/Anthropic モデルに対応した、オープンソースのローカルファーストなデスクトップ AI 研究ワークベンチ

Goとコマンドラインを使用した、堅牢で柔軟かつリソース効率の高いパイプライン

Plotlyによるplotly.js Reactコンポーネント 📈

NCBI FTP サーバーからゲノムをダウンロードするためのスクリプト

シンプルさと拡張性を重視して設計された科学的ワークフローエンジン。単発のユースケースから大規模な本番環境へ容易に移行可能。

クラウドネイティブなゲノムデータフレームとバッチ処理

Apache Avro、Apache Spark、Apache Parquet を使用して構築された特殊なファイル形式を持つ、ゲノミクス分析プラットフォーム ADAM。Apache 2 ライセンス。

計算分子生物学のための包括的なライブラリ

ハイスループットシーケンスデータ形式用の C ライブラリ

知識集約型タスクのために、知識グラフベースの検索拡張生成（KG-RAG）を使用して大規模言語モデル（LLM）を強化する

🐟 🍣 🍱 選択的アライメントを用いた、RNA-seq リードからの高精度かつ超高速なトランスクリプトレベルの定量化ツール

ゲノムアセンブリ、アノテーション、比較ゲノミクスを容易にするための Python ライブラリ

Pysam は、SAM/BAM/CRAM や VCF/BCF ファイルなどのゲノムデータを読み取り、操作、書き込みするための Python パッケージです。samtools、bcftools、tabix を支える HTSlib API の軽量なラッパーです。

🔬🦞 科学者のための自己進化型AI研究同僚。285のスキル、ハルシネーションゼロ、永続的なメモリ。

ケモインフォマティクスに関するライブラリとソフトウェアのキュレーションリスト。

bwa-mem の次期バージョン

Workflow Description Language (WDL) の仕様书。

精密医療ナレッジグラフ (PrimeKG)

画像分析を用いた植物表現型解析

Hifiasm：高精度なHifiリード向けのハプロタイプを解決するアセンブラ。

高速で感度の高いギャップ付きリード・アライナー

バイオインフォマティクス用コンテナ

オンメモリでの塩基配列のk-merカウント、フィルタリング、グラフ走査など