bioinformatics

アノテーション済みデータ。

ディープシーケンスデータを処理・分析するためのツール

バルク RNA-seq の DEA 向け DESeq2 パイプラインの Python 実装。

マイクロバイオーム解析のための多用途なオープンソースツール

pandas DataFrameで分子構造を扱う

生物学的設計のための Go パッケージ。

超高速かつメモリ効率の高い（メタ）ゲノムアセンブラ

タンパク質-リガンド相互作用プロファイラー - 📝 Schake, Bolz, et al. (2025), https://doi.org/10.1093/nar/gkaf361 に従って、PDB ファイル内の非共有結合的なタンパク質-リガンド相互作用を解析・視覚化する

:eye: DNA 配列の特徴を描画するための Python ライブラリ（Genbank ファイルなどに対応）

Cytoscape.jsを基盤とした、PythonとDashによるインタラクティブなネットワーク可視化ツール

第3世代シーケンシングを使用した構造変異コーラー

バクテリアゲノム、MAG、プラスミドの迅速かつ標準化されたアノテーション

ScienceClaw は、LangChain DeepAgents と AIO Sandbox インフラストラクチャを使用して構築されたパーソナルリサーチアシスタントであり、OpenClaw を超える全く新しいアーキテクチャを採用しています。より強力なセキュリティ、優れた透明性、そしてよりユーザーフレンドリーな体験を提供します。

マルチLLMの合意形成を用いたシングルセルRNA-seqの細胞型アノテーション。

遺伝子クラスター比較図ジェネレーター

グラフカーネル用のscikit-learn互換ライブラリ。

BioJava は、生物学的データを処理するための Java ライブラリを提供することに特化したオープンソースプロジェクトです。

BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

リモートのタンパク質相同性検出スイート。

GTDB-Tk: バクテリアおよびアーキアのゲノムに客観的な分類学的割当を行うためのツールキット。

SAM/BAMデータを処理するためのツール

編集（レーベンシュタイン）距離を使用した配列アライメントのための軽量で超高速な C/C++ (& Python) ライブラリ。

The Chemistry Development Kit

また別の冗長なワークフローエンジン

WGS / ターゲットシーケンスからの生殖細胞系または体細胞のバリアント検出解析パイプライン（前処理、バリアントコール、アノテーション）

高速な一倍体変異コールおよびコアゲノムアライメント

Biostar Q&A

シークエンス読み取りからアダプター配列を削除する Cutadapt

COBRApy は、代謝ネットワークの制約ベースモデリングを行うためのパッケージです。

Dash 用のオープンソースバイオインフォマティクスコンポーネント