bioinformatics

Dữ liệu được chú thích.

Các công cụ để xử lý và phân tích dữ liệu giải trình tự sâu (deep sequencing).

Một triển khai Python của quy trình DESeq2 cho DEA RNA-seq số lượng lớn.

Công cụ mã nguồn mở linh hoạt để phân tích hệ vi sinh vật

Làm việc với cấu trúc phân tử trong pandas DataFrames

Một gói Go dành cho kỹ thuật sinh vật.

Trình lắp ráp (meta-)genome siêu nhanh và tiết kiệm bộ nhớ.

Protein-Ligand Interaction Profiler - Phân tích và trực quan hóa các tương tác protein-ligand không cộng hóa trị trong tệp PDB theo 📝 Schake, Bolz, et al. (2025), https://doi.org/10.1093/nar/gkaf361

Thư viện Python để vẽ các đặc điểm trình tự DNA (ví dụ: từ các tệp Genbank)

Công cụ gọi biến thể cấu trúc sử dụng trình tự gen thế hệ thứ ba.

Trực quan hóa mạng tương tác trong Python và Dash, được hỗ trợ bởi Cytoscape.js

Chú giải nhanh và chuẩn hóa cho bộ gen vi khuẩn, MAGs và plasmid.

ScienceClaw là trợ lý nghiên cứu cá nhân được xây dựng với LangChain DeepAgents và cơ sở hạ tầng AIO Sandbox, áp dụng kiến trúc hoàn toàn mới vượt trội hơn OpenClaw. Nó cung cấp tính bảo mật cao hơn, minh bạch tốt hơn và trải nghiệm thân thiện với người dùng hơn.

Chú giải loại tế bào cho RNA-seq đơn bào sử dụng sự đồng thuận của nhiều LLM

Trình tạo hình ảnh so sánh cụm gen

Một thư viện tương thích với scikit-learn cho các hạt nhân đồ thị (graph kernels).

BioJava là một dự án mã nguồn mở chuyên cung cấp thư viện Java để xử lý dữ liệu sinh học

Bộ công cụ phát hiện tương đồng protein từ xa.

BioMCP: Giao thức ngữ cảnh mô hình y sinh (Biomedical Model Context Protocol)

GTDB-Tk: bộ công cụ để phân loại phân loại học khách quan cho các bộ gen vi khuẩn và cổ khuẩn.

Các công cụ để làm việc với dữ liệu SAM/BAM

Thư viện C/C++ (& Python) siêu nhẹ và cực nhanh dùng cho việc căn chỉnh chuỗi sử dụng khoảng cách chỉnh sửa (Levenshtein).

The Chemistry Development Kit

Lại một workflow engine dư thừa khác

Quy trình phân tích để phát hiện các biến thể dòng mầm hoặc biến thể soma (tiền xử lý, gọi biến thể và chú giải) từ WGS / giải trình tự mục tiêu

Công cụ gọi biến thể đơn bội và căn chỉnh bộ gen lõi tốc độ cao

Hỏi đáp Biostar

Cutadapt loại bỏ các trình tự adapter khỏi các đoạn đọc trình tự

COBRApy là một gói dành cho mô hình hóa dựa trên ràng buộc của các mạng lưới trao đổi chất.

Các thành phần tin sinh học mã nguồn mở cho Dash