genomics

将任何 AI 代理人转变为 AI 科学家。全球超过 175,000 名科学家使用的首选代理技能库，提供 163 个即用验证技能与 100 多个涵盖生物、化学、医学与药物发现的科学数据库。兼容 Cursor、Claude Code、Codex、Pi、Antigravity 以及开放的 Agent Skills 标准。

Biopython 官方 git 仓库（最初从 CVS 转换而来）

DeepVariant 是一个分析流程，利用深度神经网络从下一代 DNA 测序资料中调用基因变异

适用于基因组和剪接核苷酸序列的多功能成对比对工具

GATK 4 及以上版本的官方代码库

人人可用的数据密集型科学。

数百个用于医学研究的代理人技能，包含协议设计、数据分析、证据洞察与学术写作。

用于短序列比对的 Burrow-Wheeler Aligner（长序列比对请见 minimap2）

用于处理基因组变异图谱的工具

AI 原生的健康数据引擎 —— 收集、标准化并推论实验室数据、穿戴式设备与基因组学数据。

🧬 gget 实现对基因组参考数据库的高效查询

🦖 ClawBio - 第一个生物信息学原生的 AI agent 技能库。本地优先。可复现。开放。免费。

Python 的圆形可视化（Circos 图、弦图、雷达图）

从 NCBI FTP 服务器下载基因组数据的脚本

云原生基因组数据框与批处理计算

ADAM 是一个基因组分析平台，采用 Apache Avro、Apache Spark 和 Apache Parquet 建构特制档案格式。采用 Apache 2 授权。

用于协助基因组组装、注释与比较基因组学的 Python 库

用于基因组学与转录组学的基础模型

用于处理基因本体论（GO）术语的 Python 库

Oxford Nanopore 的 Basecaller

bwa-mem 的下一个版本

Hifiasm：用于精确 Hifi 测序数据的单倍型解析组装工具

一个快速且灵敏的有间隙读取比对工具。

HyenaDNA 的官方实现，这是一个以 Hyena 构建的长距离基因组基础模型

通过同源基因指派进行快速基因组范围功能注释

用于处理与分析深度测序数据的工具。

超快速且内存高效率的（元）基因组组装工具

用于解析与操作 VCF 档案的 C++ 函式库与命令列工具，并提供 python 和 zig 绑定

:book::microscope::coffee: BioJava 是一个致力于提供 Java 库以处理生物数据的开源项目。

BioMCP：生物医学模型上下文协议