bioinformatics

一个用于多组学（包含大量、单细胞与空间 RNA-seq 分析）的 Python 库。

蛋白质图神经网络库

用于 DTI、药物属性、PPI、DDI、蛋白质功能预测的深度学习工具包（生物信息学）

一个使用 Golang 编写的跨平台、高效且实用的 CSV/TSV 工具包

用于并行执行作业的跨平台命令行工具

🦖 ClawBio - 第一个生物信息学原生的 AI agent 技能库。本地优先。可复现。开放。免费。

开源、本地优先的桌面 AI 研究工作台，支持 Python/R 科学计算、MCP 生物信息工具、SSH/WSL/GPU 运行环境以及 OpenAI/Anthropic 模型。

Python 的圆形可视化（Circos 图、弦图、雷达图）

使用 Go 与命令行构建强固、灵活且资源效率高的管道

来自 Plotly 的 plotly.js React 组件 📈

从 NCBI FTP 服务器下载基因组数据的脚本

专为简洁性与可扩展性而设计的科学工作流程引擎。轻松在单次使用情境与大规模生产环境之间转换

云原生基因组数据框与批处理计算

ADAM 是一个基因组分析平台，采用 Apache Avro、Apache Spark 和 Apache Parquet 建构特制档案格式。采用 Apache 2 授权。

一个用于计算分子生物学的综合库

用于高通量测序数据格式的 C 语言库

利用基于知识图谱的检索增强生成（KG-RAG）赋能大型语言模型（LLM），以处理知识密集型任务

🐟 🍣 🍱 使用选择性比对技术，从 RNA-seq 读取数据进行极度精准且超快速的转录本层级定量分析

用于协助基因组组装、注释与比较基因组学的 Python 库

Pysam 是一个 Python 软件包，用于读取、操作和写入基因组数据，例如 SAM/BAM/CRAM 和 VCF/BCF 文件。它是 HTSlib API 的轻量级包装器，该 API 也是 samtools、bcftools 和 tabix 的核心驱动。

🔬🦞 科学家的自我进化 AI 研究同事。具备 285 种技能、零幻觉、持续性记忆。

精选的化学信息学库与软件清单。

bwa-mem 的下一个版本

工作流程描述语言 (WDL) 规范。

精准医疗知识图谱 (PrimeKG)

通过图像分析进行植物表型分析

Hifiasm：用于精确 Hifi 测序数据的单倍型解析组装工具

生物信息学容器

一个快速且灵敏的有间隙读取比对工具。

内存中的核苷酸序列 k-mer 计数、过滤、图遍历等功能