bioinformatics

标注数据。

用于处理与分析深度测序数据的工具。

用于 bulk RNA-seq DEA 的 DESeq2 pipeline 之 Python 实现。

功能多样的微生物组分析开源工具

在 pandas DataFrames 中处理分子结构。

用于生物工程的 Go 软件包。

超快速且内存高效率的（元）基因组组装工具

蛋白质-配体相互作用分析器 - 根据 Schake, Bolz 等人 (2025) 的研究，分析并可视化 PDB 文件中的非共价蛋白质-配体相互作用，网址：https://doi.org/10.1093/nar/gkaf361

:eye: 用于绘制 DNA 序列特征的 Python 库（例如来自 Genbank 文件）

使用 Python 与 Dash 的交互式网络可视化工具，由 Cytoscape.js 提供技术支持。

使用第三代测序的结构变异调用器

细菌基因组、MAGs 与质体的快速标准化注释工具

ScienceClaw 是一个采用 LangChain DeepAgents 与 AIO Sandbox 基础设施构建的个人研究助理，采用超越 OpenClaw 的全新架构。它提供更强的安全性、更好的透明度以及更友好的使用体验。

使用多 LLM 共识进行单细胞 RNA-seq 的细胞类型注释

基因簇比较图生成器

一个兼容 scikit-learn 的图核心（graph kernels）库

:book::microscope::coffee: BioJava 是一个致力于提供 Java 库以处理生物数据的开源项目。

BioMCP：生物医学模型上下文协议

远程蛋白质同源性检测套件。

GTDB-Tk：用于为细菌和古菌基因组分配客观分类学分类的工具包。

处理 SAM/BAM 数据的工具

轻量、超高速的 C/C++ (& Python) 序列比对库，使用编辑（Levenshtein）距离。

化学开发工具包（The Chemistry Development Kit）

又一个多余的工作流引擎

用于检测 WGS / 目标测序中种系或体细胞变异的分析管线（预处理、变异调用与注释）

✂️ ⚡ 快速单倍体变异检测与核心基因组比对

Biostar 问答系统

Cutadapt 可从测序读段中移除接头序列

COBRApy 是一个用于代谢网络约束基建模的套件。

用于 Dash 的开源生物信息组件